Как я понял, судно вышло из РФ как ТСМП, перевозя коммерческий груз. Теперь ему необходимо сделать ремонт, скорее всего для продления действия классификационного свидетельства. Поскольку судно российское, надо думать не только как вывезти запчасти для его ремонта, но и как оно будет возвращаться в РФ.
Уверен, такой вариант не рассматривается:
http://www.tks.ru/crime/2016/01/28/01 
Поэтому, если ремонт не аварийный, в 99% случаев таможня будет требовать оформить ремонтные операции с уплатой платежей по 262 статье Кодекса. Чтобы уменьшить базу для расчета платежей лучше запчасти поместить под временный вывоз.
Если делать экспорт, то запчасти станут иностранными товарами и их стоимость прибавят к стоимости ремонта, тем самым увеличится стоимость переработки.
Еще один вопрос - каким видом транспорта предполагается вывозить эти запчасти? Если другим судном, то мелкие части можно вывезти как припасы.