Да. Почему нет?

А потом, по мере обновленя разрешительных переходить на АГ и в 31 графе?

Я просто не знаю, как можно )
Если так, можно, то это вполне приемлимо.
Правда в переходный период не возможно отследить маркировку фактическую, но это уже рулетка видимо.

Оформляйся по старым докам. Нужно обновить контракт- делай доп и новый паспорт сделки. При получении нового РУ, переоформишь серты ( предоставив новый контракт если нужно..... какие там схемы используете - не знаю) и начинай работу по новому контракту.
Хотя.... по опыту, после того, как я поменял юрадрес, лицензии на лекарства действовали до конца срока вдачи. Но лицензия- не РУ:)

Почему рулетка? Проводите предварительный осмотр.