Договор купли продажи. Так и сделали, изначально, обменялись письмами(в письме прописано, что после использования проб оборудование будет поставлено С в адрес А). Подали ДТ. Вот таможня и спросила на основании чего будет поставлено оборудование?

Если договор купли продажи, то А не имеет никакого отношения к внешнеэкономическому договору Б и С. Строго говоря в этом случае Б и С не имели права в нем писать что А что то обязано отправить С. Это можно было написать например в договоре купли продажи А и Б или вообще ничего не писать. Но подать ДТ можно и нужно. Можно кстати что бы никого не смущать убрать соответствующее положение о пробах из внещнеэкномического контракта.

А что значит С отправит в адрес А ?. А будет получателем при ввозе ?

К внешнеэкономическому договору БиС доступа нет, это их коммерческая тайна. Договор купли продажи А и Б не внешнеэкономический, но в нем прописано, что А поставит пробы в адрес С.
С отправит в адрес Б(не в адрес А, некорректно написал, извините)
ДТ подается на основании переписки, никакой договор не указывается в 44 гр.

ДТ не висит, на словах номер не присвоен именно изза той причины, что я описал, по факту вышло время, сегодня будем снова подаваться

А зачем снова ? Есть официальный отказ в регистрации или отказ в выпуске ?

На проверку экспортной декларации 4 часа. Инспектор проверяет ДТ 3,5 часа, потом присылает требование предоставить объяснения от стороны С(причем пишет, что предоставить нужно в течении 30 мин, а С к слову в Австрии находится).Пока делаем запрос естественно все сроки выходят. К моменту когда появляется нужная бумажка, приходит отказ в регистрации по причине того, что не успели все запрошенные док-ты предоставить. И так второй раз уже.

Эк Вас дурят-то.
п. 5 гл II РКТС № 262 от 20.05.10 "О порядке регистрации, отказе в регистрации декларации на товары и оформления отказа в выпуске товаров".
Для принятия решения о регистрации ДТ должностное лицо в срок, не превышающий двух часов с момента подачи ДТ, проверяет наличие либо отсутствие оснований для отказа в регистрации ДТ, предусмотренных пунктом 4 статьи 190 Кодекса.
п. 6 его же
В случае отсутствия оснований для отказа в регистрации ДТ должностное лицо в течение срока, указанного в пункте 5 настоящей Инструкции, присваивает ДТ регистрационный номер, формируемый в установленном порядке.

Вы, право, задаёте странный вопрос: что мне привести в доводы тому, кто доводы слышать не желает.
То, почему А может быть декларантом мы уже обсудили. Вы об этих доводах знаете не меньше нашего. Кто чего может более дельного присоветовать ещё? Обжалуйте. Думаю, всё.

1. Фирма А несёт обязанности декларанта по ввозу оборудованию, которое осуществляется по договору БиС, так как фирма А поручила фирме Б заключить внешнеэкономическую сделку на поставку этого оборудования. При декларировании в таможню нужно представить два договора: АиБ и БиС.
По практике в 2012-2013 годах у меня было 4 поставки по 3 парам договоров, в таможне всё проходило без проблем.

2. По договору БиС фирма А не может поставить фирме С пробы и выступить при такой поставке декларантом, только как грузоотправитель.
Объяснение:
Пробы поставляются по договору БиС, в договоре АиБ фирма А поручает фирме Б заключить внешнеэкономическую сделку на поставку(ввоз) оборудования. Вывоз проб договором АиБ не предусмотрен.

Корректирую своё предыдущее сообщение.

Если в договоре АиБ фирма А даёт поручение фирме Б заключить договор на поставку оборудования и для поиска/адаптации такого оборудования фирма А поручает фирме Б организовать передачу поставщику оборудования пробы, то вывоз проб входит в поручение от А к Б.
Следовательно, фирма А несёт обязанности декларанта при вывозе проб не зависимо от того кто непосредственно их вывозит: фирма А или фирма Б.