А что у них разное? ИНН КПП ОГРН или может название?

Не, коды одни и те же. К названию только добавляется филиал. ООО "Ромашка" филиал в г. Калуга например. Различие только в бюджетах и расходах.

КПП должны быть разными.

Филиалы поручать и принимать поручение не могут, поскольку самостоятельные юридически значимые действия они не осуществляют. Вся их деятельность ведется от имени головной организации.

если от имени организации выступает ее обособленное подразделение, не являющееся юридическим лицом, то дополнительно к вышеназванным сведениям указываются сведения об обособленном подразделении: краткое наименование и его место нахождения (краткое название страны в соответствии с Классификатором стран мира, административно-территориальная единица, населенный пункт, улица, номер дома (корпуса, строения), квартиры (комнаты, офиса));
например:
"ОАО "ПОЛЕСЬЕ"
БЕЛАРУСЬ, Г. МИНСК, УЛ. Я.КОЛАСА, Д. 14,
ФИЛИАЛ ОАО "ПОЛЕСЬЕ"
БЕЛАРУСЬ, БРЕСТСКАЯ ОБЛ., Г. КОБРИН, УЛ. Я.КУПАЛЫ, Д. 8";

Пиши филиал. Читай инструкцию Решение Коллегии Евразийской экономической комиссии № 39 от 26 апреля 2012 года

кстати да. только что обратил внимание

КПП присваивается по месту постановки на учет в налоговом органе. Головная организация стоит на учете в налоговой в Москве (КПП - 77...), а филиалы соответственно в налоговых органах Калуги (КПП - 40...) и Астрахани (КПП - 30...). Налоговые разные - потому и КПП разные.

индекс ишо...ИМХО.

Я с инструкции скопировал

Значит, коды ставим головной конторы.