Как оформить остаток по закончившемуся разрешению на переработку
 

Подскажите есть ли вариант оформления - остался неиспользованный материал ввезенный по разрешению на переработку на тамож. территории, обнаружили из-за пересортицы и таможня в курсе но молчит, разрешение окончило свой срок действия, хотим быстро их оформить, чтоб не было претензий со стороны таможни. Как это возможно?

Что за пересортица?
У Вас остаток из-за того, что по факту оказалось:
- большее количество, чем было задекларировано при ввозе
- часть товара другого наименования (модели, сорта, артикула), чем указано в декларации,
- расход меньше, чем по разрешению на переработку (в рамках технологических потерь)

Выпуск в свободное обращение.
Если прошло менее двух месяцев, адекватная таможня воспримет данный факт благосклонно.

все ввезено и вывезено в рамках квот по разрешению, вывезли остаток реэкспортом, но из-за технической ошибки при учете оказался небольшой остаток. Его-то и хотим оформить - чтоб все по закону.

Зря. Это же неучтёнка. Т.е. товар, не существующий документально. Вы наживёте себе кучу проблем.