Анатолий, деньги Вы должны вносить как лицо, которое будет указано в CMR в графе "Перевозчик". Это же лицо должно быть в сертификате, который Вы потом получите.
Об остальном почитайте сначала распоряжение ГТК РФ от 09.12.2003 № 666-р (например,
здесь), пост #26 в этом топике, и распоряжение ГТК РФ от 29.10.596-р (можно и
тут).