А как эту накладную можно не представлятьв ТО?

По-моему вполне четко в ЗТТ сказано: дополнительно к цене сделки ...расходы на перевозку...
И всё. Более ничего.
Какая разница кто понёс убытки, и , что с того что за товар уплачено ровно по инвойсу?
Я продал Вам товар за 1000 доллларов и обязался Вам его доставить на СИПе. Цена сделки = 1000 (само-собой).
При отправке мне дяденька лётчеГ сказал: "Шеф, добавить бы надо, керосин подорожал"
Я "добавил". Разумеется эта дельта не "сидит" в цене сделки. Разумеется она должна по ЗТТ сидеть в таможенной стоимости.