[IM-EX]

они их заполняют на заводе в день погрузки

Нигде не сказано что они (западные партнёры) должны Вет. сертификат по форме которая установлена у нас.
см. п. 6.3, раздел VI, Приложения 2, "Положения ..."
"Каждая партия подконтрольных товаров ввозится на таможенную территорию таможенного союза при наличии разрешения, указанного в подпункте 6.1 настоящего Положения, и (или) ветеринарного сертификата, выданного компетентным органом страны – отправления подконтрольного товара."
Отправитель должен оформить свой сертификат, в соответствии с законодательством своей страны, а не подстраиваться под нас.