Если коротко.
С пошлиной все понятно.
НДС 0% на прозрачные линзы, если все хорошо с сртификатом соответствия, ОКП в нем и регистрационка Минздрава выдана на изделия мед. назначения.
Все затемненные, НДС 18%, на основании разъяснения ФТС № 05-18/11824 от 16.03.10
http://www.tks.ru/docs/10030114