Ваши ответы невразумительны и противоречат друг другу.
Заявляете что у Вас переплата, которую видит банк (где интересно? в ведомости банковского контроля или просто по тексту контракта?).
Единственный вариант не строить догадки. Запросите у банка ведомость банковского контроля. И сравните 2 раздела. сумма по II разделу "Сведения о платежах" минус сумму по III разделу "Сведения о подтверждающих документах".
Если у Вас положительная разница, Вы можете оформить кредит ноту и оформит допоставку товара на эту разницу.
Если у Вас нулевая разница, то Вы ничего не можете оформить (судя по вашему ответу "В ГТД оформили 100$".
Хотя в этом случае можно попробовать оформить корректировку в минус после выпуска, возвратить разницу по пошлине, предоставить КТС в банк, с новыми СПД (справками о подтверждающих документах), получить в итоге положительную разницу и оформить кредит ноту
(думаю на годик судебной волокиты будете обеспечены).