Для таможни гражданство не имеет никакого значения (читаем таможенный кодекс, особенно определения лица таможенного союза и иностранного лица). Имеет значение место постоянного проживания, поэтому таможне не стоит предъявлять паспорт гражданина РФ в котором присутствует внутрироссийская прописка. Лучше показывать вид на жительство и в крайнем случае российский загранпаспорт, в котором прописка отсутствует.