Насколько я понимаю, все остальные платежи (кроме импортной пошлины) можно будет платить по старой схеме "авансовыми платежами", с которых потом и списывать по разным видам. А импортную пошлину нужно будет платить с некоторым запасом (из-за возможного изменения курсов) или использовать несколько платежек "импортной пошлины", перекрывающих сумму пошлины по ГТД. Использовать платежки "импортной пошлины" на другие виды начислений будет нельзя (см. последний абзац в приведенных выше ссылках).