CMR (международная транспортная накладная) оформляется, когда есть договор перевозки, при которой товар пересекает хотя бы одну границу. Об этом Конвенция КДПГ, 1956,
например, здесь. Если Вы говорили таможне о том, что у Вас есть договор перевозку (перегонку, что одно и то же), то таможня права. Тем более, что Вы тем самым осуществляете предпринимательскую деятельность.
По новым законам, того, что раньше называлось ДКДТС, нет. Остался только таможенный транзит, одинаковый для всех.