...А вот например при приходе груза морским транспортом ГТД надо подавать на таможню в регионе которой находится порт....
|

Это с чего бы? ПК 1691 приостановлен
http://www.tks.ru/news/law/2010/02/03/0007 а в проекте вообще вроде как отменяется. Или Ваш пост по другой нормативке живёт.
Я то как раз в Новороссийске и выпустил, а подавал в Ростове.