[IM-EX]

Ну что ж, давайте рассмотрим.
Я думаю, основной вопрос здесь: является ли СГР мерой нетарифного регулирования. Мое мнение, что является.
Читаем статью 4 ТК ТС: меры нетарифного регулирования – комплекс мер регулирования внешней торговли товарами, осуществляемых путем введения количественных и иных запретов и ограничений экономического характера, которые установлены международными договорами государств – членов Таможенного союза, решениями Комиссии Таможенного союза и нормативными правовыми актами государств – членов Таможенного союза, изданными в соответствии с международными договорами государств – членов Таможенного союза;

А теперь ответьте на вопрос: как связан таможенный транзит и внешняя торговля? ИМХО, никак. Да и по-другому быть не может: СГР выдается заявителю-резиденту таможенного союза, либо производителю, чья продукция реализовывается в странах таможенного союза. Ни того, ни другого случая в таможенном транзите нет. Поэтому я считаю, что его можно оформить без СГР.

Выделять то надо всё: "...меры нетарифного регулирования – комплекс мер регулирования внешней торговли товарами, осуществляемых путем введения количественных и иных запретов и ограничений экономического характера...".
Так что, заблуждаетесь коллега. К мерам нетарифного регулирования относятся лицензии и квоты.