[Дедушка с кайлом]

...разобраться.
Есть контракт между заводом "Х" и покупателем в РФ "У".
В контракте указано, что условие поставки определяется индивидуально для каждой поставки и прописывается на инвойсе, который является неотъемлимой частью контракта. Но есть абзац с описанием перехода права собственности, где указано, что оно переходит покупателю на границе РФ. Возникла ситуация, завод продает по условию ЕХW, а бухгалтерия говорит, что мы не можем заказывать транспорт, так как груз по контракту будет чужим. Как быть? Как разрешить ситуацию малой кровью?

Ничего тут особенного нет. Измените базовые условия поставки на франко-завод. Права будут переходить на складе отправителя. А на пункт перехода прав собственности на DAFе можете просто забить.