Не очень понятно, как может быть один упаковочный на 10 контейнеров

Остальное - стандартный случай, хотя и малореализуемый на практике.
1. Может, только приготовьтесь к 100% досмотру на границе и на самом посту. Сначала перевозу (на границе), а потом Вам (на посту) нужно будет объяснять, почему по документам таможенные платежи превышают покрытие CARNET, и почему заявлено меньше чем в доках.
2. Можно. Никаких дополнительных инвойсов не нужно, но... см. п.1.
3. Не обязательно.