Почему это "со дня обнаружения"? 
№311-ФЗ, ст.151:
" 2. по день исполнения обязанности по уплате таможенных пошлин, налогов либо по день принятия решения, налогов включительно в процентах от суммы неуплаченных таможенных пошлин, |
так они ж обязанность исполнили,заплатили,
не было недоплаты обнаружено на момент проверки,
решение о доплате может быть принято после проведения проверки