[Та что ))]

Да всё нормально. Просто четко пропишите в контракте условия предоставления скидки.
У меня кстати не только при срабытывании ПР требуют обоснования.

При проведении проверки правильности произведенных в ДТС расчетов должностные лица проверяют правильность выполненных расчетов цены, фактически уплаченной или подлежащей уплате с учетом скидок (если они были предусмотрены)...
В случае срабатывания ПР возможно последует запрос основания предоставления продавцом скидок покупателю на конкретную партию товара, их величину, если такие скидки предусмотрены внешнеторговым договором, но не определены количественно.
Т.к. скидки прописываются в инвойсе отдельной суммой (лучше в процентном отношении их не указывать), а само предоставление скидок оговорено Внешнеторговым Контрактом (отдельное приложение к Контракту не лучший вариант... хотя возможно и его использование) - собственно это и есть документальное подтверждение и количественное определение...
Длительная история сотрудничества!?!?? - то, что надо!! )) Об этом вы сможете написать в Пояснениях по условиям продажи (для удобства использования возможно использование бланка этих пояснений из отмененного приказа ГТК России от 05.12.2003 № 1399)
Отсуствие влияния взаимосвязи на стоимость сделки - тоже можно подтвердить, надо понимать имеет место быть ли взимосвязь изначально... "взаимосвязанные лица" - лица, которые отвечают хотя бы одному из следующих условий:
а) являются сотрудниками или директорами (руководителями) предприятий друг друга;
б) являются юридически признанными деловыми партнерами, то есть связаны договорными отношениями, действуют в целях извлечения прибыли и совместно несут расходы и убытки, связанные с осуществлением совместной деятельности;
в) являются работодателем и работником, служащим;
г) какое-либо лицо прямо или косвенно владеет, контролирует или является держателем пяти или более процентов выпущенных в обращение голосующих акций обоих из них;
д) одно из них прямо или косвенно контролирует другое;
е) оба они прямо или косвенно контролируются третьим лицом;
ж) вместе они прямо или косвенно контролируют третье лицо;
з) являются родственниками или членами одной семьи.
Лица, которые являются партнерами в совместной предпринимательской или иной деятельности, и при этом одно из них является исключительным (единственным) агентом, исключительным дистрибьютором или исключительным концессионером другого, как бы это ни было представлено, должны считаться взаимосвязанными, если данные лица отвечают хотя бы одному из указанных выше условий.