[Zhlob]

Если отказ в КТД не обжалован в срок, но плательщик подаст заявление на возврат- таможня откажет- подаем в суд. Таможня говорит, факт излишней уплаты не установлен, плательщик не обжаловал КТД.
Как поступит суд. Он же обязан с учетом всех обстоятельств рассмотреть дело.

Обязан, и рассмотрит. Где-то так (хотя здесь немного о другом, но общий смысл будет тем же)

Постановление ФАС Дальневосточного округа от 01.02.2011 N Ф03-9181/2010 по делу N А51-10184/2010

...Довод заявителя кассационной жалобы о том, что требование общества о возврате излишне уплаченных таможенных платежей не подлежит удовлетворению, поскольку решение по таможенной стоимости товара, ввезенного по спорной ГТД, не было обжаловано и отменено, являлся предметом рассмотрения судов первой и апелляционной инстанций и получил надлежащую правовую оценку.
Кроме того, отсутствие судебного решения о признании недействительным решения таможенного органа по корректировке таможенной стоимости спорного товара не лишает общество возможности защитить нарушенное право иным способом, предусмотренным статьями 12, 13 Гражданского кодекса Российской Федерации, то есть путем предъявления заявления об обязании таможенного органа возвратить излишне уплаченные таможенные платежи, при рассмотрении которого суд оценивает принятое таможенным органом решение о корректировке, как доказательство по делу в соответствии с положениями главы 7 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации...