По взысканию с таможни 2000 руб. -суд первой инстанции "автоматом" выписывает исполнительный лист - его в региональное управление Федерального казначейства. Форма заявления и документы, которые к нему прилагать, есть здесь:
http://www.roskazna.ru/p/fk/vzysk.html или на сайте своего регионального управления (его сайт и адрес можно найти на этом же сайте).
По возврату залога - форма в Приказе ФТС №2520, и почитайте это письмо (разжевано поподробней что, как и в каких случаях):
http://www.tks.ru/news/law/2011/05/06/0007
P.S. Так как у Вас в решении суда нет ничего о возврате денежных средств, списанных таможней, то ни сами, ни по судебному акту они Вам, скорее всего, ничего не вернут... Заявление придется подавать...