Ну если не отдельным (самостоятельным) требоованием о признании незаконным
только решения о проведении доп.проверки или требования о предоставлении доп.документов - это встречается... Например - дела №№ А12-10286/07 (посл. было – Постановление ФАС ПО от 05.03.2008), А24-5144/2008, А56-12940/2008, А51-2285/2010, А32-25275/2010, А56-20575/2011 и т.д.... Но в основном про эти всякие доп.проверки в судах обсуждается, как о повлекших за собой доп.начисления платежей, задержки в выпуске товаров и т.п.
Хотя в Деле №А12-10286/07 оспаривались (но тоже вкупе с остальными требованиями) запросы о предоставлении доп.документов...