Российские компании при транзитных перевозках через территорию РФ уплачивают НДС по ставке 0%.
Начиная с 1 октября 2011 г. при перевозке железнодорожным транспортом товаров через территорию России с территории государства — члена Таможенного союза на территорию государства, не являющегося членом Таможенного союза, транспортно-экспедиционные услуги, оказываемые российской организацией по договору транспортной экспедиции, облагаются НДС по ставке 0%. До 1 октября 2011 г. в отношении указанных услуг применялась, согласно п. 3 ст. 164 НК РФ, ставка НДС 18%.
Об этом напоминает Минфин РФ в Письме от 03.11.2011 № 03-07-13/01-45.
<О подтверждении расходов на перевозку грузов автомобильным транспортом>
Министерство финансов РФ письмо от 11.11.2011 № 03-03-06/1/746
http://www.eg-online.ru/document/regulatory/151515/