[Я - то что надо]

По порядку.
1)Четкое определение НПА цитирует упомянутый Вами приказ №88 Минюста:
«… Постановление Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации от 11 ноября 1996 г. N 781-II ГД "Об обращении в Конституционный Суд Российской Федерации", в котором приводятся определения нормативного правового акта и правовой нормы:
"

Если не возражаете, я бы хотел договориться о следующем.
Либо Вы даёте ссылку на источник, который недоступен к открытому просмотру в Интернете и тогда я не смогу проверить/опровергнуть Ваши цитаты, либо же Вы цитируете так, как есть, не занимаясь подменами. Иначе это отдаёт выборами-2011.
В Постановлении ГД НЕ ПРИВОДИТСЯ определения НПА.
В нём говорится следующее.
"В действующем законодательстве пока ОТСУТСТВУЕТ ПОНЯТИЕ "нормативный правовой акт". Вместе с тем в юридической доктрине принято исходить из того, что "нормативный правовой акт - это письменный официальный документ, принятый (изданный) в определенной форме правотворческим органом в пределах его компетенции и направленный на установление, изменение или отмену правовых норм. В свою очередь, под правовой нормой принято понимать общеобязательное государственное предписание постоянного или временного характера, рассчитанное на многократное применение".
Таким образом, на момент выхода приказа Минюста №88 законодательно установленное определение "нормативного правового акта" отсутствовало (по крайней мере для меня это очевидно, пока Вы не доказали обратного). И приказ Минюста №88 чётко и вполне однозначно указал, что "положение об органе, подведомственном федеральному органу исполнительной власти" является НПА.

Положение о ЦЭКТУ – это иное. Оно – не общеобязательное. Говоря иными словами, не адресовано неопределенному кругу лиц. Оно - не примерное положение (устав) органа (а ЦЭКТУ – орган), поскольку ЦЭКТУ – единственное в ФТС. Положение о ЦЭКТУ -ведомственный ненормативный правовой акт. Ненормативные правовые акты, затрагивающие права и законные интересы заявителя в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности оспариваются арбитражными судами в порядке административного судопроизводства (ст. 29 АПК).

Можно не так пространно?
Положение о ЦЭКТУ является "положением об органе, подведомственном федеральному органу исполнительной власти" или нет? Если не возражаете, я приведу краткий семантический анализ выделенной части текста.
1. Документ называется "Положение"? Да.
2. ЦЭКТУ является подведомственным ФТС органом? Да (Вы это сами написали, заметьте).
3. ФТС является федеральным органом исполнительной власти? Да.
Как видите, пространства, для того, чтобы передёрнуть, не осталось.

Кого-то чем-то конкретно ущемило Положение о ЦЭКТУ - пожалуйте в суд.

Насчёт суда - это правильно. Это по-российски, точнее по ЕР-овски.
Искренне надеюсь, что и в данном случае найдётся "гражданин Шкакин"™ , которому достанет настойчивости довести рассмотрение этого вопроса до конца.

Одну только ошибку он совершил: похвалился, едучи к рати.

По-русски говорят "Не хвались, едучи НА рать".
А закончил бы я так (будь русским народом): "И не обос...сь, едучи с рати."

Извините за задержку с ответом. Дела, понимашь…

Да я понимаю. Завтра службу несть...