1. Если это КТС до выпуска товаров, то его может оплачивать как таможенный представитель, так и Вы. Я не встречался с ситуацией, когда оплату частично производит импортёр, частично таможенный представитель -- но не вижу для неё правовых препятствий. Возможно, есть технические препятствия у таможни.
2. Если речь про КТС задним числом, после выпуска товаров, то импортёр и таможенный представитель несут солидарную ответственность. Это означает, что таможня может направить требование об уплате платежей импортёру, а может таможенному представителю -- по своему желанию. Никаким договором между импортёром и таможенным представителем данное право таможни отменить нельзя. Максимум возможного -- записать в договоре, что в случае если таможня наложит лапу на Ваши авансовые платежи, или инкассо в банк пришлёт, то таможенный представитель в такой-то срок компенсирует Вам эти расходы. Но таможня Ваши деньги спишет автоматом, закон даёт ей право забирать Ваши деньги, не доказывая свою правоту в суде (иначе бы они фиг что собрали, в суде таможня проигрывает почти все дела). А вот Вам, если вдруг таможенный представитель не выплатит, придётся в арбитраж нести Ваш с ним договор. А там всякое бывает, договор может быть составлен так, что Вы обязаны были уведомить представителя каким-то конкретным образом, и Вы не сможете доказать, что это было сделано. Ну, или мало ли других юридических тонкостей можно заранее заложить в договор, чтобы потом суд выиграть.
3. Чтобы гарантированно застраховаться от этой проблемы, Вам нужен такой таможенный представитель, который работает по схеме "аутсорсинг ВЭД". Если Вы доверяете там. представителю и готовы гонять деньги за товар через его счета, то всё просто: заключается агентский договор между русским юриком брокера (агент) и Вашим русским юриком (принципал). Агент по просьбе принципала должен купить за рубежом, привезти в Россию, растаможить и передать принципалу такие-то товары. Соответственно агент заключает договор купли-продажи с Вашим зарубежным поставщиком. Такую схему можно сделать 100% легальной, и так работают многие, обратитесь в раздел Услуги.
Если Вы не доверяете там. представителю настолько, чтобы гонять деньги за товар через его счета, то заключается трёхсторонний договор "Ваше русское юрлицо -- русское юрлицо там. представителя -- Ваш поставщик", предусматривающий, что платите за рубеж Вы напрямую. Это тоже можно сделать легальным, но сложнее, такой практики мало. На таможне вынесут мозг там.представителю (но он за это деньги получает), а вот в отделе валютного контроля банка мозг будут выносить Вам. Им будет непривычна ситуация, когда Вы платите за рубеж, а потом закрываете их отчётами принципала, актами сдачи-приёмки и декларациями на юрика брокера, с которым у Вас такой странный договор. Однако, в базе решений арбитражных судов в России есть примеры, см. например решение по делу
А06-1276/2010 , где "часть выручки от реализации экспортных работ в сумме 1.255.183,55 рублей не поступила на расчетный счет налогоплательщика, поскольку по его поручению была перечислена покупателями экспортных работ на счета третьих лиц, в счет погашения задолженности ОАО «Астраханский порт»." Налоговая вдула учвэду за такой договор, но суд разобрался. Участник ВЭД выиграл, суд признал трёхсторонний зачёт по внешнеэкономическому договору совершенно законным.