[Черный таможенник]

1. Купив ДВС в Польше за, допустим, 300$, на каких таможнях мне нужно его таможить (Польша-Литва, Литва-РБ, РБ-РФ) и сколько денег выйдет растаможка в итоге?

Экспорт на границе Евросоюза. Экспортной пошлины на ДВС у них нет. По поводу сборов не знаю. Будете оформлять на границе Литвы и Белоруссии.
Импорт на границе таможенного союза. Ставка пошлины зависит от конкретного кода двигателя. Скорее всего, у Вас будет 10% от таможенной стоимости, то есть от 300 долларов (кстати, почему из ЕС - в долларах?). НДС в Белоруссии - 20%, то есть (300+30)* 20%= 66 долл. Итого платежей - 96 долларов с двигателя. Плюс расходы на таможенное оформление и СВХ.
На границе РБ и РФ таможенного контроля нет. Однако, будут заморочки с разными ставками НДС (В России она - 18%). Кроме того, после ввоза двигателей в РФ из РБ надо будет подать статистическую форму.

2. Я являюсь ИП с открытым видом деятельности "ремонт ТС", что нужно еще открыть для покупки ДВС в Польше? Какие документы с собой брать?

Что надо в Польше - это лучше у них спросить. У Вас должны быть:
1) контракт.
2) Инвойс.
3) Товаротранспортные документы.
4) документы по оплате, экспортная ЕС - желательно.

3. Каким образом декларировать запчасти общим весом порядка 400 кг.? Везу на Sprinter'e. Каждую запчасть отдельно таможить?

Оформляется ДТ. Запчасти декларируются по кодам ТН ВЭД.

4. Сколько раз мне нужно пройти таможню, ведь их три получается: Польша-Литва, Литва-РБ, РБ-РФ?

Два раза - экспорт на внешней границе ЕС и импорт на внешней границе Таможенного союза.

5. Если я купил запчасти в РБ и с ними еду в РФ, нужно ли их таможить и платить таможне?

Нет. Но, есть определенные вопросы в связи с разными ставками НДС. Кроме того, после ввоза нужна статформа.