Можно влезу с простым взглядом на это все (

):
Если накладной нет, то нет и оснований для заполнения ДТ (счет-фактура - коммерческий документ, не транспортный).
В соответствии с п. 1 ст. 183 ТК ТС подача таможенной декларации должна сопровождаться представлением таможенному органу документов, на основании которых заполнена таможенная декларация, если иное не установлено ТК ТС.
И далее ...
Если отдельные документы, на основании которых заполнена таможенная декларация, не могут быть представлены при подаче таможенной декларации, по мотивированному обращению декларанта таможенный орган разрешает представление таких документов ...
и т.д. и т.п. и все равно предоставить все в срок.
Может быть
вот это где-то прописано, но не знаю примеров.