[Мия]

А приложение 1 - это пояснения к понятийному аппарату "Понятия, используемые при реализации Инструкции...".
И фраза вырвана из :
"Под мерами по минимизации рисков понимается комплекс мероприятий, состоящих в совершении уполномоченными должностными лицами таможенного органа определенных действий с целью выявления и пресечения нарушений таможенного законодательства. Меры по минимизации рисков применяются уполномоченными должностными лицами таможенных органов при таможенном контроле как в соответствии с указаниями в профилях рисков, так и по собственному решению в соответствии с полномочиями таможенного органа.
"
Т.е. Вы считаете что эта фраза дает право инспектору применять любые меры по минимизации риска, только на основании внутренних инстиктов?

Это ФТС так считает. Почитайте весь приказ.