Я бы сам сделал дубль этой несчастной ЭЦП (КриптоПро вроде как позволяет это сделать), дык где взять этот "чистый" Рутокен - это же не флэшка, которую в любом ларьке можно купить...  |
Так делай.
Если ЭЦП на токене сформирована с возможностью копирования (примерно с июля-августа 2012 года их стали делать некопируемыми). делайте сколько хош копий через крипто-про, хоть на что (дискета, любая карта памяти, флэшка и даже в реестр прописывает, так что вообще ничего тыкать в комп не надо.