[Anda]

Вот кстати такая практика меня ну очень улыбает, еще больше улыбает, что в ФЗ-311 написано о предоставлении в таможенный орган документов, подтверждающих полномочия лица, подписавшего заявление на возврат, заверенные нотариально!

Как быть, если нотариусы протокол о назначении ЕИО + приказ о вступлении в должность не заверяют, а таможня не горит желанием сличать оригинал с копией и заверять самостоятельно?

И кстати, если прикладывать нотариальную доверенность на физика-подписанта, нужно ли прикладывать все те же протокол и приказ?

Попробуйте убедить нотариуса заверить копию с копии приказа о назначении (или протокола)... Т.е. делайте копию, пишете "копия верна", заверяйте печатью организации и подписью руководителя, а нотариус заверяет копию с копии...
Есть в их, нотариусном, законодательстве, такое:
« Статья 79. Свидетельство верности копии с копии документа
Верность копии с копии документа свидетельствуется нотариусом при условии, если верность копии засвидетельствована в нотариальном порядке или копия документа выдана юридическим лицом, от которого исходит подлинный документ. В последнем случае копия документа должна быть изготовлена на бланке данного юридического лица, скреплена печатью и иметь отметку о том, что подлинный документ находится у юридического лица.»

Если прикладываете нотариальную копию на физика-подписанта, то вроде бы и не надо тогда копии приказа или протокола, так как нотариус их проверит при заверении доверенности...