В настоящий момент нет никакой нормативки, устанавливающей порядок помещения товаров под процедуру ТС. Все зависит от местных условий.
Как бывший "режимщик" скажу, что общее правило по ТС всегда было таково: "сначала размещаем (на ТС), потом помещаем (под процедуру)". Кстати, на Балтике к примеру, это так и происходит.
Где проводить досмотр, таможня должна определить сама. Думаю, было бы проще и правильней, если б в 30 графе изначально фигурировал ТС, а не ЗТК, где и досмотр-то проводить нельзя, как оказалось.