Чего огород городить?
Иностранное лицо, у которое филиал в РФ, и являющееся покупателем как раз и будет декларантом. Почитайте статью 186 ТК ТС, там русским по белому написано про иностранных лиц. Никакой поставки для собственных нужд от головной организации в обособленное подразделение (филиал) здесь, я как понял, нет. Есть сделка, в которой нет стороны - лица государства-члена таможенного союза. Одна из сторон (иностранная организация) имеет филиал в РФ, вот и все.
Выбор таможенной процедуры никак не зависит от характера сделки и от лиц, которые являются декларантом. Можно и аренду и лизинг под ВВП оформить, равно как и куплю-продажу под ВВ.