Если код беспошлинный, то самое логичное и простое: ЭК10 и ИМ40.
Никаких сложностей связанных с оформлением переработки.
Основание - простейший контракт на одной страничке.
В проформе туда - стоимость X (prices for customs purposes only).
В проформе обратно - cтоимость Y (prices for customs purposes only), равная X+стоимость модернизации. Если поставите только стоимость модернизации, то если по "чеснаку", то X надо добавить к таможенной стоимости.
В ДТС по 6-му методу таможенная стоимость = Y+доставка.
Платите сборы и НДС.
Все.
