[backtrack]

Товар не был на поддонах. Перевоз, по-видимому, в CMR и TIRe указал перец, упакованный в коробках, но не на паллетах, правда, стартер? Так было? Если это было так, что таможня будет паллеты рассматривать как отдельно следующий товар со всеми вытекающими.
Если таможня не имеет претензии к декларанту, то сей факт вскрылся при помещении товара на СВХ еще до подачи декларации, но не после. По хорошему, перевозчик должен теперь сам оформить на поддоны реэкспорт, если, конечно, отправитель согласится эти паллеты принять назад.

товар был на поддонах, раз они внизу. Просто документы неправильно оформили, это вполне и очень легко решаемый вопрос, с чего вдруг их считать отдельным товаром?