Потому, что в соответствии с этим же пунктом Пленума разъяснена квалификация по ч.1 ст. 16.2 когда "к таможенному оформлению представляется товар, отличный от того, сведения о котором были заявлены в таможенной декларации"
sibirkva, я бы посоветовал Вам завтра присоставлении протокола лишнего не говорить, факт правонарушения, вину общества не признавать. Ознакомиться со вмеси материалами дела. Помимо выявленных Вами нарушений при досмотрах особое внимание, также, на проведение экспертизы. По итогам сформировать грамотную четкую позицию, изложить в виде ходатайства о прекращении дела. Участвуя лично в рассмотрении дела, заявить ходатайство. Дальше - по ситуации, но только не вышестоящий ТО, а в арбитраж в течение 10 дней с момента получения постановления по делу.