[user's]

Для ТО груза, с товарным знаком ***, брокер требует предоставить письмо от правообладателя (лицензиата) товарного знака. Мотивирует требование тем что по информация с ФИПСа на данный товарный знак
зарегистрирована Не исключительная лицензия.

В свою очередь Таможенный реестр объектов интеллектуальной собственности по данному товарному знаку *** молчит. Прав брокер или нет?

Прав.
Письмо оформляете, даже если прямой контракт.
Примерно так:
Настоящим письмом подтверждаем, что не возражаем против ввоза на территорию РФ компанией Pupkin Ltd. (ИНН: **********) всех видов товаров, маркированных товарным знаком ***, ввозимых по контракту №*** от 20**.**.**.
Компания Suni Jama Ltd. является правообладателем международного товарного знака *** по свидетельству о регистрации знака №***** от ** **** 20**г. на территории Российской Федерации.