[Ken-T]

Перевозчик уже оплатил (17.06. - два месяца ДО Постановления), но это не остановило ФТС РФ. ФТС не связывает список с фактом оплаты или неоплаты, а просто с тем, что были административные правонарушения. Если не можете спорить факт правонарушения, нет основания для жалобы.
Дальше - по Конвенции только за "грубые нарушения" государство имеет право исключить кого нибудь и конечно обосновать это исключение Центральному органу.

Для сравнения два факта:
1. Одно из условий исключения из реестра таможенных представителей:

наличие фактов неоднократного (два и более раза) привлечения ТП к административной ответственности за АП в области таможенного дела, предусмотренные статьями 16.1, 16.2, 16.3, 16.15, 16.22 и частью 3 статьи 16.23 КоАП России, в течение срока, когда юридическое лицо считается подвергнутым административному наказанию по делам об АП в области таможенного дела, предусмотренных указанными статьями, при условии, что сумма наложенных административных штрафов в совокупности составила 250 000 рублей и более;

2. Одно из условий исключения из реестра владельцем таможенного склада:

неоднократное (два и более раза) привлечение владельца таможенного склада к административной ответственности за АП в области таможенного дела, предусмотренные статьями 16.13, 16.14, 16.15, частями 2 и 3 статьи 16.23 КоАП России, в течение срока, когда лицо считается подвергнутым административному наказанию по делам об АП, предусмотренным указанными статьями, при условии, что сумма наложенных административных штрафов по указанным статьям в совокупности составила 250 000 рублей и более.

Заметьте, в обоих случаях факт оплаты штрафа - не имеет значения для исключения из соответствующего реестра.