[Одинокий стрелочник]

Странно, что вернули. Должны были отправить в ФТС на проверку. Вряд ли бы, если б отправляли в 30 дней уложились.

Приказ ФТС России № 1565 от 2 августа 2012 года
Об утверждении формы и порядка принятия решений о стране происхождения товаров и (или) предоставлении тарифных преференций

31. Если в ходе такой проверки обнаружены признаки, указывающие на то, что представленный преференциальный сертификат о происхождении товаров не выдавался и (или) содержит недостоверные сведения, и (или) оформлен с нарушением требований к его оформлению и (или) заполнению, таможня не позднее 30 (тридцати) рабочих дней со дня, следующего за днем регистрации в таможенном органе Заявления, направляет с обоснованием такой сертификат в вышестоящий таможенный орган на последующую проверку в случаях, определяемых ФТС России.
До получения от вышестоящего таможенного органа результатов последующей проверки преференциальных сертификатов о происхождении товара решение не принимается.

По-хорошему, Вам бы получить сертификат заполненный по правилам и обратиться опять за восстановлением преференций.
При желании можете попробовать обратиться в ЦТУ за отменой решения или в суд.
Но сертификат у Вас заполнен не по правилам.

Возможно и обращались.
Мы когда отказывали в преференции, отсылали сертификат на проверку в ФТС. Они дней через 20 уже отвечали.