[Ken-T]

контрактодержатель - москва. у филиала на директора есть доверенность на: "ведение от имени фирмы А ВЭД представлять интересы в структурных подразделениях фтс рф при регистрации филиала как участника вэд, при исполнении обязательств общества по заключённым внешнеэкономическим контрактом при возникновении нарушений таможенных норм правил, а так же осуществлять все процедуры, связанные с таможенным оформлением экспорта продуции фирмы А, в том числе подписывать все документы, необходимые для проведения экспортно-импортных операций, включая паспорта сделок, таможенные декларации, справки, заявления и прочие." (это дословно, включая знаки препинания)

Так в чем тогда сложность? Указывать в ДТ в графе декларант и голову, и филиал с его реквизитами, чтобы понятно было таможне. И опять же в соответствии с РКТС № 257. Там учтена возможность декларирования через филиалы.
Правильно att77 говорит.