Потому что антитеррористическая деятельность это не только мероприятия по непосредственному противодействию терроризму(профилактика, мониторинг, пресечение, поиск, преследование, поимка, уничтожение и т.д.), но и мероприятия по минимизации и ликвидации последствий терактов(если результаты противодействия положительных результатов не дали и теракт всё же случился), а это зона ответственности МЧС и есть. Именно по этой причине в антитеррористической комиссии любого уровня ВСЕГДА присутствуют представители МЧС.
Это в двух словах если, без излишней детализации...