в прокуратуру на транспорте  на незаконные действия сотрудников.
понятые хоть были на досмотре, если представителя декларанта не было? |
Ну зачем так обострять, жалоба может быть подана в вышестоящий таможенный орган. Порядок прописан в Законе о таможенном регулировании № 311-ФЗ.
И конечно лучше обжаловать те решения которые таможня приняла на основании акта досмотра который как Вы считаете был проведен с нарушениями. Для начала в вышестоящий орган, а потом при необходимости в суд.