[Andrey Digtel]

Подаете ПТД, она проходит регистрацию. В таможенный орган, зарегистрировавший ПТД, подаете Заявление об использовании платежей по ДТ в качестве обеспечения транзита и 3 (три) экземпляра заполненных гарантийных сертификатов. Таможня регистрирует ГС, списав все платежи по ПТД , 2 (два) экземпляра возвращает Вам. Номер ПТД и ГС сообщаете перевозчику, который при пересечении границы сообщает таможенникам, что на его груз оформлена ПТД и ГС. Таможенники смотрят по базе, сверяют данные в ГС в электронном виде с документами перевоза, оформляют транзит и груз едет в таможню назначения (или таможню для удаленного декларирования, смотря что в ПДТ указано).
При поступлении товара в таможню назначения, ГС погашается, платежи обратно перекидываются на ДТ, она выпускается.
ВСЕ!

особо упорные МАПП могут заставить добить платежи, ибо в ГС НДС по 20% считается, а по ДТ 18