Можно подать ДТ куда хотите за несколькими исключениями как акцизные посты и так далее... ДЛя подачи ДТ не обязательно, чтобы товар находился на складе таможенном или в зоне таможенного контроля. Проще мне кажется подать ДТ куда вам удобнее, в 30 графе указываете вместо номера приказа- "СКЛАД ОТПРАВИТЕЛЯ", адрес, выпускаетесь и уже тогда в аэропорт.