[баллон]

Есть лицензионный договор с роялти 3% с выручки от продажи импортного товара. Платежи товаропроизводителю (правообладателю ТМ) были только за сам товар. Роялти не выплачивали.

Имеет ли право таможня включать в таможенную стоимость эти расчётные платежи по лицензионному договору, которых по факту не было?

Ага.
Вы и за сам товар могли не расплатиться)))