[IM-EX]

Поясню. Декларант покупает у Производителя зерно. Подается ВПД. Чтобы получить ж/д накладную, фито, подать уведомление об отправке загруженного вагона - как Вы и сказали "По каждой готовой к отгрузке партии оформляется комплект товаросопроводительных документов (сч/ф, ж/дн, фито) и отправляется в таможню уведомление об отгруженной партии" - нужна счф. НО! Право собственности по договору с Производителем переходит покупателю при наличии штемпеля станции отправления. А штемпель можно получить после уведомления в таможню. И тут вопрос: как может Декларант выписать сч/ф на готовый к отправке вагон, если право собственности на товар у него нет?

Поменяйте условия в договоре.
Или делайте все день в день. Тогда и разночтений не будет.