Ещё раз мои мысли по порядку и четко:
1. таможенный орган имеет право запросить любое лицо, имеющее отношение к поставке декларируемых товаров вне зависимости от наличия прямых договорных отношений с декларантом.
2. если сведения от экспедитора, подтвержденные им документально, корреспондируют/соотносятся с данными, полученными от перевозчика - у таможенного органа нет оснований для привлечения кого бы то ни было к какой-либо ответственности и для проведения дальнейших проверочных мероприятий.
3. если сведения от перевозчика не соотносятся со сведениями от экспедитора (его сумма экспедитору больше, чем сумма, выставленная экспедитором декларанту, хотя последняя по логике должна включать первую и быть как минимум ей равно) - это основание для таможенного органа назначить доп.проверку либо направить ИАС на контроль после выпуска.
4. декларант должен включить те расходы, которые он считает достоверными и документальное подтверждение которых у него есть на руках. Если он доверяет экспедитору на все 100% - пусть включает. Но наличие этих сведений у декларанта не ограничивает таможенный орган в праве запросить информацию о стоимости перевозки у третьих лиц (перевозчик, страховая и т.п.). И в случае, если сведения не соотносятся с информацией, имеющейся у декларанта, поступить по п.3 (см. выше).
5. наличие какого-бы то ни было ответа от перевозчика - информация к размышлению, а не основание для незамедлительного составления определения по 16.2.2.
6. наиболее полной и достоверной информацией о понесенных затратах на перевозку товаров обладает перевозчик, т.е. лицо, которое её осуществляет.
7. в договоре на ТЭО между декларантом и экспедитором можно внести пункт "стоимость, выставленная экспедитором не может быть меньше стоимости, выставленной ему перевозчиком". В этом случае и экспедитор будет счастлив и декларант спокоен за любой запрос

Как получить подтверждение тех или иных сведений - или как минимум обеспечить их соответствие и логическую последовательность - задача участников сделки. Способов много и они есть. Кто хочет - ищет методы, кто не хочет - причину. Работать надо.
8. При таких запросах иногда (редко но бывает) появляются факты, которые влияют на условия сделки/таможенную стоимость и т.п., что не было учтено декларантом и экспедитором. Тупо потому, что они об этом не знали. Это не говорит о том, что они в чем-то виноваты. Каждая ситуация, по-сути своей уникальна. Шаблонов здесь бытье может. Но сбор информации для объективной её оценки никто не отменял и не признавал незаконным.
Повторюсь: если кто-то покажет решение суда, в котором будет сказано,
что таможенный орган в обоснование своей позиции приводит результаты проверочных мероприятий, на основании ответа перевозчика, запрос которому он не имел права делать, потому что у того не было прямых отношений с декларантом - признаю свою ошибку и буду выполнять решение суда (хотя внутренне с ним и не соглашусь). Т.к. это Закон. И это будет не самое первое и не самое последнее решение суда, которое идет вразрез с логикой. Как я её понимаю.
Пока такого решения нет - говорить не о чем. Отвечая на вопрос ТС - такой запрос законом не запрещен, а значит он законный. Всё остальное - лирика и рассуждения. Я тоже сказал свою позицию. С ней можно не соглашаться, может она и не правильная - но она такая. Она есть. И пока доводов, чтобы её менять я в этой ветке не услышал. То, что проводится "доппроверка декларанта, а не перевозчика" - не принимаю всерьез, со всем к Вам уважением.