Уже писал раньше.
В двух словах если, то.
Инспектор при проверке выявил, что требуется серт. Выставил требование, декларант предоставил. Инспектор отказал в выпуске. Основание - пункт 2 статьи 201 (выявленные нарушения не устранены), так как инспектор откажет во внесении изменений на основании 191 статьи (изменения влияют на запреты и ограничения).
Поэтому отказ в выпуске будет законен. А там, если сертификат действовал на момент регистрации ДТ, декларант подаёт ДТ и всё.
Если позже - его вызывают на АП по 16.3.1
Если на пальцах - запреты и ограничения применяются при перемещении товаров через таможенную гранинцу. Перемещение - это ввоз или вывоз.
Ввоз - это действия, связанные с пересечением таможенной границы до выпуска.
Т.е. на момент ввоз (и тем более декларирования) запреты и ограничения должны быть соблюдены. Таким образом, сертификат должен быть до подачи ДТ.