[пенсионер]

Формально, инспектор в Самаре не будет знать, ввезен товар или нет, поэтому оснований для отказа в регистрации у него не будет (так как сверить транзитку из 44 графы не сможет, ввиду её отсутствия).
Он будет обязан зарегистрировать ДТ.
После закрытия доставки он выясняет, что ПТД подана после ввоза, пишет докладную на начальника таможни. Тот в рамках ведомственного контроля отменяет решение о регистрации ДТ. Инспектор проставляет код решения по ДТ "82". И всё. Декларант обращается за возвратом сборов.
Хотя на практике не удивлюсь, что инспектор проворонит такую мелочь.

А что уведомление из порта в место доставки не приходит о транзите к ним ?