Всё правильно Вам говорят. Товар не оприходован (не поставлен на учёт) бухгалтерией, то есть по документам, у Вас никакого товара не было и оформить на экспорт Вы ничего не могли. Но оформили...
)))
Нормальные бухи по такой нестыковке поднимают визг ещё
до обращения в налоговую за НДС, и документы с поставщиком правятся. Обычно, пока поезд не ушёл (отчётность не сдана), это всё можно сделать без особых проблем.
Ваша внешнеэкономическая сделка налоговую не колышет. Как и то, что Ваша компания соответствует ст.186. У Вас бардак с документами. Обижаться можете лишь на самих себя, к сожалению.
ЗЫ: В давнюю бытность мою ИП было лень ехать в другой город, проводить ревизию товаров, сданных на реализацию. Решил отразить реализацию полностью и заплатить налоги полностью же. То бишь - авансом. Через год был оштрафован за неверное ведение учёта. Запомнил на всю жизнь. Вот и у Вас такая возможность появилась...