"на таможне деньги не видят..." - Это крайне плохо.... Ждите теперь отказ по причине отсутствия денег, скорее всего.... 
"все инвойсы, проформы и упаковочные со старыми КПП и старыми адресами.." - Это ерунда, не проблема....  |
во ВЛД перекинули за 30 мин по письму, тут сказали (были со старых платежей) оригинал письма и мы будем рассматривать.. заплатили по новой чтобы не ждать..
в отделе платежей платежки видят, на запрос с едаты пишет что контрагент (с новым КПП) не зарегистрирован.. короче не понятно что у них там